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中国科学院南京地理与湖泊研究所的战略定位是开展自然和人文要素驱动下湖泊－流域系统过程、格局及其相互作用与调控机理研究，为湖泊科学研究、湖泊资源合理利用、湖泊环境治理与生态保护以及区域可持续发展做出基础性、战略性和前瞻性贡献。研究所主要面向湖泊水环境治理与生态修复；区域可持续发展规划与评估两大应用研究领域，重点发展物理湖泊与水文；湖泊生物与生态；湖泊沉积与环境演变；湖泊环境与工程；流域水文与资源环境；区域经济地理；地理信息科学七个学科方向。
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