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 温州市疾病预防控制中心于2000年7月根据温政办〔2000〕19号文件撤消原温州市防疫站、原市结核病防治所、原市皮防站、原市健康教育所，合并成立作为市卫生局领导下具体实施政府疾病预防控制职能的全额拨款的全民事业单位，是温州市疾病预防控制、卫生检验监测、健康教育、科研培训等业务技术的指导中心、信息管理中心、人才培训中心。 目前市疾控中心编制160人，在编154人，硕士以上30人、大学78人，占62.09%；专业技术人员134人，其中高级技术职称24人，占17.91%；中级技术职称62人，占46.27%。现设职能科室6个、业务科室13个。主要负责全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等工作。